Nel 1943 entrò nella scuola apostolica vincenziana di Banská Bystrica. A causa dei cambiamenti politici, poté diplomarsi solo nel maggio 1949 ed entrare in noviziato alla fine di agosto. Nel 1950, il potere politico comunista decise di chiudere tutti gli istituti di vita consacrata. Ján Havlík e i suoi confratelli furono deportati nel cantiere di una diga vicino a Púchov. Fu rilasciato dopo tre mesi. Poiché la facoltà teologica di Bratislava era controllata dal regime comunista, decise di studiare teologia di nascosto, affiancando il suo lavoro a Nitra e continuando la sua formazione seminaristica presso i Vincenziani.
Il 29 ottobre 1951 fu arrestato, insieme ad altri novizi, dalla ŠtB (Sicurezza di Stato). Trascorse 15 mesi in detenzione preventiva, dove, con frequenti torture, cercarono di ottenere da lui una “confessione” di attività antistatali. Nel febbraio 1953, il tribunale lo condannò a 10 anni di carcere per tradimento (originariamente 14, ma la pena fu ridotta a 10 anni in appello). Nonostante tutto, mantenne la pace, l’arrendevolezza e l’amore eroico verso i suoi nemici. Divenne un "MUKL" (abbreviazione di uomo destinato all’eliminazione). Lavorò inizialmente nelle miniere di uranio di Jáchymov. Dal 1958 fu imprigionato a Ruzyne, dove fu torturato "in guanti bianchi" (tortura psicologica). Il motivo fu l’ennesimo processo, che lo condannò per servizio missionario tra i suoi compagni di prigionia e aumentò la pena di un anno.
Nel 1960, a causa delle sue condizioni di salute, dovette essere trasferito nell’ospedale del carcere di Ilava. Il 29 ottobre 1962 fu rilasciato, dopo aver scontato l’intera pena di 11 anni. Visse gli ultimi tre anni con una salute gravemente compromessa e con le conseguenze della tirannia mentale e fisica. La vigilia di Natale del 1965 fu mandato a casa dai genitori per le festività natalizie. La mattina del 27 dicembre, nel giorno della festa di San Giovanni (Ján in slovacco), decise di andare da un medico. Sua madre gli chiese di prendere una radio da riparare durante il tragitto. Mentre Ján percorreva le strade di Skalica, camminare diventava sempre più difficile. Si fermò vicino a una specie di bidone dei rifiuti domestici. Per coincidenza, apparteneva a un medico locale. Quando parlò a Ján, non ricevette risposta. Con l’aiuto di un passante, portarono Ján all’interno. Tuttavia, scoprirono che non era più vivo. Stava morendo in mezzo a una città eppure in completa solitudine. L’unico testimone della sua morte era Dio.
