En 1943, ingresó en la escuela apostólica vicenciana de Banská Bystrica. Debido a los cambios políticos, no pudo graduarse hasta mayo de 1949 y se unió al noviciado a finales de agosto. En 1950, el poder político comunista decidió cerrar todos los institutos de vida consagrada. Ján Havlík y sus hermanos fueron deportados a la obra de construcción de una presa cerca de Púchov. Fue liberado después de tres meses. Dado que la facultad de Teología de Bratislava estaba controlada por el régimen comunista, decidió estudiar teología en secreto, además de su trabajo en Nitra, y continuar su formación en el seminario de los Padres Paúles.
El 29 de octubre de 1951 fue arrestado junto con otros novicios por el ŠtB (Seguridad del Estado). Pasó 15 meses en prisión preventiva, donde, mediante torturas frecuentes, intentaron sacarle una «confesión» de actividades contra el Estado. En febrero de 1953, el tribunal lo condenó a 10 años de prisión por traición (originalmente 14, pero la sentencia se redujo a 10 años en apelación). A pesar de todo, mantuvo su paz, su entrega y su heroico amor hacia sus enemigos. Se convirtió en un «MUKL» (abreviatura de hombre destinado a ser eliminado). Primero trabajó en las minas de uranio de Jáchymov. A partir de 1958 estuvo preso en Ruzyne, donde fue torturado «con guantes blancos» (tortura psicológica). El motivo fue otro juicio más, que lo condenó por el servicio misionero entre sus compañeros de prisión y aumentó la sentencia en un año.
En 1960, debido a su estado de salud, tuvo que ser trasladado al hospital de la prisión de Ilava. El 29 de octubre de 1962, fue puesto en libertad, tras cumplir la totalidad de la condena de 11 años. Vivió sus últimos tres años con una salud gravemente deteriorada y las consecuencias de la tiranía mental y física. En Nochebuena de 1965, fue enviado a casa desde el hospital a casa de sus padres para las fiestas. En la mañana del 27 de diciembre, día de la festividad de San Juan (Ján en eslovaco), decidió ir a ver a un médico. Su madre le pidió que llevara una radio para repararla por el camino. Mientras Ján caminaba por las calles de Skalica, cada vez le resultaba más difícil caminar. Se detuvo junto a una especie de cubo de basura doméstico. Casualmente, pertenecía a un médico local. Cuando habló con Ján, no hubo respuesta. Con la ayuda de un transeúnte, llevaron a Ján adentro. Sin embargo, descubrieron que ya no estaba vivo. Estaba muriendo en medio de una ciudad y, sin embargo, en completa soledad. El único testigo de su muerte fue Dios.
