En 1943, il entre à l’école apostolique vincentienne de Banská Bystrica. En raison des changements politiques, il ne peut obtenir son diplôme qu’en mai 1949 et rejoint le noviciat à la fin du mois d’août. En 1950, le pouvoir politique communiste décide de fermer tous les instituts de vie consacrée. Ján Havlík et ses frères ont été déportés sur le chantier de construction d’un barrage près de Púchov. Il a été libéré au bout de trois mois. La faculté de théologie de Bratislava étant contrôlée par le régime communiste, il a décidé d’étudier la théologie en secret, parallèlement à son travail à Nitra, et de poursuivre sa formation au séminaire chez les Lazaristes.
Le 29 octobre 1951, il fut arrêté avec les autres novices par la ŠtB (Sécurité d’État). Il passa 15 mois en détention préventive, où, au moyen de tortures fréquentes, ils tentèrent de lui arracher des « aveux » d’activités antiétatiques. En février 1953, le tribunal le condamna à 10 ans de prison pour trahison (à l’origine 14 ans, mais la peine fut réduite à 10 ans en appel). Malgré tout, il conserva sa paix, son abandon et son amour héroïque envers ses ennemis. Il devint un « MUKL » (abréviation pour désigner un homme destiné à être éliminé). Il travailla d’abord dans les mines d’uranium de Jáchymov. À partir de 1958, il a été emprisonné à Ruzyne, où il a été torturé « avec des gants blancs » (torture psychologique). La raison en était un autre procès, qui l’a condamné pour son service missionnaire auprès de ses codétenus et a augmenté la peine d’un an.
En 1960, en raison de son état de santé, il a dû être transféré à l’hôpital pénitentiaire d’Ilava. Le 29 octobre 1962, il a été libéré, après avoir purgé l’intégralité de sa peine de 11 ans. Il a vécu ses trois dernières années avec une santé gravement altérée et les conséquences de la tyrannie mentale et physique. La veille de Noël 1965, il a été renvoyé de l’hôpital chez ses parents pour les fêtes de fin d’année. Le matin du 27 décembre, jour de la Saint-Jean (Ján en slovaque), il décida d’aller voir un médecin. Sa mère lui demanda d’emporter une radio pour la faire réparer en chemin. Alors que Ján arpentait les rues de Skalica, il eut de plus en plus de mal à marcher. Il s’arrêta à côté d’une sorte de poubelle. Par coïncidence, il appartenait à un médecin local. Lorsqu’il s’adressa à Ján, il n’y eut pas de réponse. Avec l’aide d’un passant, ils portèrent Ján à l’intérieur. Cependant, ils découvrirent qu’il n’était plus en vie. Il mourait au milieu d’une ville et pourtant dans une solitude totale. Le seul témoin de sa mort était Dieu.
